Indonesia dikenal sebagai salah satu negara yang memiliki keanekaragaman hayati laut yang terbaik di dunia. Luas terumbu karang di Indonesia diperkirakan mencapai sekitar 60.000 km2, namun yang dalam kondisi baik hanya sekitar 6,2 % saja. Kerusakan ini pada umumnya disebabkan oleh 3 faktor, yakni keserakahan manusia, ketidaktahuan dan ketidakpedulian serta penegakan hukum yang lemah.
Terumbu karang sebenarnya terbentuk dari kumpulan koral atau karang laut. Koral ini sendiri adalah sejenis hewan laut yang membentuk lapisan keras di sekujur tubuhnya untuk melindungi diri dari pemangsa. Hewan ini berukuran sangat kecil yang disebut polyp, dan memiliki tangan-tangan yang panjang dan banyak untuk menangkap mangsa.
Terumbu karang terutama berada di wilayah-wilayah lautan yang hangat dan banyak memiliki cahaya. Oleh sebab itu, Indonesia termasuk sebagai negara yang memiliki terumbu karang terbanyak di dunia. Sementara untuk yang terbesar di dunia sendiri berada di Australia yang yang diberi nama Great Barrier Reef.
Kekayaan macam terumbu karang sangat menentukan kehidupan di laut. Terumbu karang menjadi rumah sekaligus sumber makanan dari berbagai hewan laut. Kerusakannya akan sangat mengancam kelangsungan makhluk hidup lautan lainnya.
Selain terumbu karang yang menjadi penentu kehidupan, keanekaragaman hayati laut juga terdiri dari hewan-hewan laut (ikan ataupun reptil), plankton yang merupakan tumbuhan dan hewan laut terkecil di laut, serta berbagai bentuk ekosistem di wilayah-wilayah pantai, estuari, maupun delta.
Terumbu karang sangat mudah terpengaruh oleh kondisi lingkungan sekitarnya baik secara fisik juga biologis. Akibat kombinasi dampak negatif langsung dan tidak langsung pada terumbu karang Indonesia, sebagian besar terumbu karang di wilayah Indonesia saat ini sudah mengalami kerusakan yang sangat parah. Bagaimanapun juga, tekanan terhadap keberadaan terumbu karang paling banyak diakibatkan oleh kegiatan manusia, sehingga perlu dilakukan langkah-langkah pencegahan. Peningkatan kegiatan manusia sepanjang garis pantai semakin memperparah kondisi terumbu karang.
Oleh karena itu merupakan kebutuhan mendesak untuk menerapkan konservasi dan rencana-rencana pengelolaan yang baik untuk melindungi terumbu karang dari kerusakan yang semakin parah. Langkah dan kebijakan itu adalah dengan meningkatkan kesadaran masyarakat terhadap perlunya menjaga kelestarian terumbu karang dan mengadakan perencanaan pengelolaan wilayah pesisir yang baik dengan cara mengidentifikasi tingkat kerawanan dari terumbu karang dan meningkatkan pengelolaan yang berkesinambungan.
Terumbu Karang adalah sekumpulan hewan karang yang bersimbiosis dengan sejenis tumbuhan alga yang disebut zooxanhellae. Hewan karang bentuknya aneh, menyerupai batu dan mempunyai warna dan bentuk beraneka rupa. Hewan ini disebut polip, merupakan hewan pembentuk utama terumbu karang yang menghasilkan zat kapur. Polip-polip inilah yang setelah ribuan tahun akhirnya membentuk apa yang kita kenal sekarang sebagai terumbu karang.
Zooxanthellae adalah suatu jenis Algae yang bersimbiosis dalam jaringan karang. Zooxanthellae ini melakukan fotosintesis menghasilkan oksigen yang berguna untuk kehidupan hewan karang. Namun di lain pihak, hewan karang memberikan tempat berlindung bagi Zooxanthellae.
Dalam ekosistem terumbu karang ada karang yang keras dan lunak. Karang batu adalah karang yang keras disebabkan oleh adanya zat kapur yang dihasilkan oleh binatang karang. Melalui proses yang sangat lama, binatang karang yang kecil (polyp) membentuk kolobi karang yang kental, yang sebenarnya terdiri atas ribuan individu polyp. Karang batu ini menjadi pembentuk utama ekosistem terumbu karang. Walaupun terlihat sangat kuat dan kokoh, karang sebenarnya sangat rapuh, mudah hancur dan sangat rentan terhadap perubahan lingkungan.
Peran dan manfaat dari Terumbu Karang yakni sebagai tempat hidupnya ikan-ikan yang banyak dibutuhkan manusia untuk pangan, seperti Ikan Kerapu, Ikan Baronang, Ikan Ekor Kuning, dan masih banyak jenis ikan lainnya. Selain itu terumbu karang juga sebagai benteng atau pelindung pantai dari kerusakan yang disebabkan oleh gelombang atau ombak laut, sehingga manusia dapat hidup di daerah dekat pantai. Terumbu Karang juga sebagai tempat untuk wisata. Karena keindahan warna dan bentuknya sehingga menarik minat banyak orang untuk berwisata bahari, salah satunya dengan Diving atau Snorkling.
Untuk jenis terumbu karang yang ada di Taman Nasional Karimunjawa merupakan terumbu karang pantai (Fringing Reef), Terumbu Karang Penghalang (Barrier Reef) dan beberapa Taka (Patch Reef). Kekayaan jenisnya mencapai 51 genus, lebih dari 90 jenis karang keras dan 242 jenis ikan hias. Dua jenis biota yang dilindungi yaitu Akar Bahar/Karang Hitam (Antiphates spp.) dan Karang Merah (Tubipora musica).
Biota laut lainnya yang dilindungi seperti Kepala Kambing (Cassis cornuta), Triton Terompet (Charonia tritonis), Nautilus Berongga (Nautilus pompillius), Batu Laga (Turbo marmoratus) dan 6 jenis Kima.
Menurut hasil survey potensi yang dilaksanakan oleh Direktorat Pelestarian Alam, Ditjen PHPA pada tahun 1991, di perairan Kep. Padamarang dan sekitarnya dijumpai potensi sumber daya alam laut yaitu Terumbu Karang (16 species), Ikan Karang atau Ikan Hias (13 species), Ikan Konsumsi (17 species), Moluska (14 jenis) dan Rumput Laut (8 jenis).
Karang, secara umum jenis karang yang mendominasi ekosistem terumbu karang di daerah ini adalah Acropora spp., dan Porites spp. Beberapa jenis karang yang ada merupakan biota yang dilindungi oleh CITES, seperti Seriatopora spp., Pocil/opora app., Stylopora spp., Acropora spp., Pavona spp., Fungia sp., dan Heliopora sp.
Untuk jenis ikan karang, jenis-jenis ikan hias yang dapat ditemui antara lain Abudefduf sp., Acanthurus sp., Amphiprion sebal, Chaetodon spp., Chaetodonplus sp., Centropyge sp., Drephane sp., Labroides sp., Lethrinus spp., Pomachantus sp., Zebrasoma sp., dan jenis lainnya. Sedangkan jenis Ikan Konsumsi yang ada antara lain Cakalang (Scomberomorus sp.), Tuna (Tuna salbatoru), Tongkol (Karsuwonus sp.), Layang (Decapterus sp.), Bambangan (Lutjanus sp.), Kuwe (Caranx sp.), Selar (Selar sp.), Belanak (Mugil sp.), Ekor Kuning (Caesio sp.), Lemuru (Sardinella sp.), Manyung (Tachysurus sp.), Lencam (Lethrinus sp.), Kakap (Lates sp.), Cumi-cumi (Eutherynus sp.), Gurita (Octopus sp.) dan Ubur-ubur (Rhopilana sp.).
Moluska, secara garis besar hewan lunak yang ada dapat dikelompokkan menjadi 2 jenis, yaitu Gastropoda dan Palecypoda. Beberapa jenis Moluska yang ditemukan merupakan biota yang dilindungi, seperti Kima Raksasa (Tridacna gigas), Kima Sisik (T. squamosa), Kima Kecil (T. maxima), Kima Tapak Kuda (Hippopus hippopus), Kepala Kambing (Cassis cornuta), Siput Hijau (Turbo marmoratus) dan Troka (Trochus niloticus).
Rumput laut, jenis-jenis Sea Grass yang ditemukan antara lain Caulerpa taxifolia, Eucheuma spp., Gelidium sp., Gracilaria spp., Halimeda sp., Hypnea sp., dan Turbinaria sp. Sedangkan untuk jenis Gracillaria sp., Eucheuma sp., dan Hypnea sp. merupakan jenis rumput laut yang mempunyai nilai ekonomis cukup tinggi.
Echinodermata, jenis-jenis hewan berkulit duri yang ditemukan antara lain Teripang (Holothuria Atra, H. Argus Impatiens, H. Scaraba. H. Vagabunda, Mueliria Lecanora, Stichopus Ananas), Bulu Babi (Diadema setosum, Diadema sp.), Bintang Laut Putih dan Bintang Laut Biru, serta Bintang Bantal.
Crustacea, jenis Udang-udangan yang ditemukan antara lain Charybdis Cruciata, Panulirus Dasyprus, P. Versicolor (Udang Barong), Portunus Pelagius, Phodopthalmus sp., dan Thalamita Danae.
Jenis satwa air lain yang dapat dijumpai adalah Penyu Hijau (Chelonia midas) dan Penyu Sisik (Eretmochelys imbricata).
Sedangkan di Taman Nasional Komodo, bentang perairan di kawasan ini memang punya daya pesona luar biasa dalam menurut hati para wisatawan pemuja keindahan bawah laut. Paling tidak, kawasan ini yang memiliki bentang laut seluas 132.572 hektar ini di dalamnya menyimpan 1.000 jenis Ikan, 260 jenis Karang dan 70 jenis Bunga Karang (Sponge) yang didominasi jenis Acropora spp.
Berbagai jenis ikan karang dengan gradasi warna menarik hidup di sini, seperti Chaetodon spp, Amychiprion spp dan jenis langka Chelinus undulatus. Pesona keindahan alam bawah laut itu makin sempurna, mengingat perairan Taman Nasional Komodo juga merupakan jalur migrasi lima jenis ikan Paus, 10 jenis Ikan Lumba-lumba dan Duyung. Selain itu Terumbu Karang di perairan Taman Nasional Komodo termasuk yang terindah dan terkaya di dunia dengan tingkat kerusakan yang relatif kecil. Berjenis-jenis Ikan Karang dengan gradasi warna yang indah-indah ada di dalamnya yang siap memuaskan para wisatawan yang menggandrungi keindahan alam bawah laut.
Hal serupa juga bisa ditemui di perairan laut Pulau Menjangan yang juga merupakan Diving atau Snorkling. Berjarak 500 meter arah Barat dari Pos Satu. Daerah ini baik sekali untuk scuba diving, namun penyelam harus menguasai betul teknik penyelaman, mengingat arusnya yang kuat. Karangnya tumbuh subur, baik dari jenis karang keras Millephora Sp., maupun karang lunaknya. Karena lokasi ini sebagai daerah lintasan ikan-ikan besar, disini dapat menikmati atraksi alami dari Ikan Lumba-lumba. Kalau beruntung, dibagian yang berpasir putih dapat dijumpai pula salah satu jenis Penyu yang ada.
Berjarak 600 meter arah utara dari Pos Satu terdapat bangkai kapal yang kini telah penuh denagn karang. Pertumbuhan karangnya sangat baik mulai dari tempat datar, curam sampai dalam. Yang menarik adalah Acrophora Sp., karena ukurannya dapat mencapai garis tengah 75 cm.
Sedangkan di bagian Utara Pulau Menjangan, warna karangnya sangat indah. Adanya asosiasi dengan biota laut lainnya, antara lain dengan Ikan Karang, Crinoid, Cacing Laut dan Kima, maka menjadikan tempat ini sungguh mengesankan. Arus air lautnya cukup deras, sehingga memberi pengaruh positif bagi kehidupan biota laut ditempat ini.
Sedangkan dibelakang Pos Dua, ditumbuhi oleh jenis karang campuran dari berbagai bentuk antara lain Meja, Cendawan, Tanduk dan Selimut. Ada juga Ikan Hias yang terdapat disana antara lain Bath fish, Clown fish, Ampripion dan Parrot fish.
Untuk Ikan Badut sendiri atau sering disebut dengan Clown Fish, memang punya ciri khas yang paling menarik, badannya dihiasi dengan warna-warna cemerlang. Ikan badut hidup di cabang-cabang karang yang mirip pohon yang disebut sebagai �Anemon Laut�. Ada kapsul-kapsul beracun pada cabang-cabang anemon laut yang akan membuat ikan yang menyentuhnya terluka atau mati. Namun Ikan badut tidak pernah terluka oleh Anemon Laut ini. Bahkan mereka bersembunyi di balik cabang-cabang tersebut yang membuatnya aman dari pemangsa. Ada cairan yang khusus di badan ikan badut ini yang melindunginya dari gigitan Kapsul Anemon Laut. Tidak seperti ikan-ikan lainnya, Ikan Badut ini dapat mengeluarkan cairan yang melindunginya dari racun di sekitar tempat hidupnya. Saat berada dalam bahaya, ia secara cepat bersembunyi di antara kapsul-kapsul beracun tersebut.
Memang menyelam ke dasar laut seolah-olah memasuki hutan belantara bawah laut. Berbagai jenis karang keras maupun lunak yang hidup berkoloni ataupun soliter membentuk seperti tajuk pepohonan. Dasar laut yang rata, landai, dan yang berupa cekungan membentuk ngarai-ngarai dengan dinding terjal bergua-gua.
Warna-warni karang tumbuh menjulang di dasar laut seperti tajuk-tajuk pohon hutan yang rimbun. Berbagai jenis ikan warna-warni melayang-layang di atas hamparan terumbu karang sehingga terlihat indah sekali. Namun berhati-hatilah jangan sampai tersengat Karang Api, terkena Racun Sirip Ikan Lepu atau bahkan diserang Ikan Barakuda atau Hiu Ganas.
Karang Keras terbentuk oleh binatang-binatang kecil dan berumah sekeras batu karena tersusun dari lapisan kapur (kalsium karbonat). Berbeda dengan karang lunak yang lembek dengan nematosit untuk melumpuhkan mangsa. Dari bentuknya, ada Karang Bercabang-cabang, Karang Padat, Karang Kerak, Karang Meja, Karang Daun yang berlembar-lembar, dan Karang Jamur, dengan bermacam-macam ikan yang melintas di atasnya.
Seperti halnya di darat, di bawah sana juga terdapat kehidupan siang dan malam. Karang "siang" nampak indah pada siang hari. Misalnya jenis Goneophora sp., yakni jenis karang keras dengan tentakel (tangan) yang pada siang hari menjulur dan aktif menangkap plankton-plankton untuk dimangsa. Saat malam tiba, tentakel-tentakel itu disembunyikan di balik mangkuknya. Sementara ada karang yang bila disorot lampu di malam hari kelihatan biru menyala. Karang lunak Nepthya sp. lebih aktif pada malam hari. Millepora sp., jenis karang ini seakan-akan menyala pada bagian ujungnya.
Anemon yang memiliki zat beracun memang dekat dengan Ikan Anemon (Amphiprion sp.). Ikan-ikan kuning oranye dengan strip putih vertikal suka berenang di antara tentakel anemon. Di dasar laut berpasir nampak binatang merayap berbentuk bintang merah dan biru. Bintang laut biru (Linckia laevigata) juga bisa ditemui di perairan dangkal dan kelihatan jelas bila air surut. Hampir tidak dikenali, sejenis ikan mirip Ikan Sapu-sapu besar (Orectolobidae) yang bersembunyi di bawah karang. Cacing Laut dan macam-macam Udang warna-warni biasanya merayap pelan di celah-celah dasar karang.
Sementara itu Ikan Kupu-kupu yang warna-warni indah akan terlihat menari-nari di sela-sela karang. Ikan jenis ini kebanyakan hidup di Terumbu Karang dan beberapa mampu beradaptasi di perairan yang hangat dan dalam. Namun ikan-ikan ini paling banyak terkonsentrasi di Terumbu Karang di perairan Indonesia. Misalnya, Chaetodon Burgessi yang bergaris-garis hitam, C. Ocellicandus dengan totol di bagian ekornya, dan C. Melannotus dengan bagian punggung hitam.
Tingginya kadar garam dan bertambahnya kedalaman menjadikan air nampak keruh dan gelap. Di cekungan dasar laut yang lebih dalam, biasanya akan terlihat serombongan ikan besar kecil, termasuk jenis Ikan Emperor (Lethrinus microdon) yang bersisik putih mengkilap keperak-perakan.
Alga yang terdapat di dalam laut tidak terhitung jenisnya ada yang berwarna hijau, merah, merah kecoklatan dan lain-lain. Jenis Bunga Karang (Porifera) juga berwarna-warni, antara lain, Stylotella Aurantium yang bentukny seperti rumah tawon atau Acanthella Klethra yang mirip rumah rayap yang berwarna kuning.
Di balik keindahan sosok makhluk laut tidak sedikit yang beracun, adakalanya mengakibatkan luka fisik, bahkan bisa juga mematikan. Karang api contohnya, Karang ini bisa melepuhkan kulit jika tersentuh. Tidak hanya itu, ikan yang bentuknya aneh pun bisa jadi beracun. Misalnya Ikan Lepu yang menyamar di bawah karang yang keras, ia akan mengeluarkan racun yang berbahaya bila siripnya yang berumbai-rumbai tersentuh.
Ikan jenis ini banyak hidup di perairan tropis Indo-Pasifik dari Afrika Selatan sampai Pasifik Barat, termasuk juga Asia Tenggara. Mereka hidup pada kedalaman 1 hingga 50 m. Biasanya di dapat ditemukan di gua atau dekat kepala karang. Ikan Lepu ini ada juga yang berlurik seperti Zebra, namun ada juga yang berwarna gelap.
Selain jenis ikan, ada pula jenis ular misalnya Ular Laut Belang Putih Hitam (Laticauda sp.). Ia melayang gemulai di dalam air yang kemudian bersembunyi di lubang karang. Ular ini sensitif selagi musim kawin dan akan menyerang bila diganggu dan kabarnya, kekuatan bisanya melebihi King Cobra.
Ada juga Ikan Hiu Kepala Martil yang tergolong jenis ikan ganas. Dari 250 hingga 300 jenis hiu, terdapat 10 sampai 15 jenis ikan hiu dengan tipe menyerang. Dengan sensor getar di dekat moncong hidungnya, ikan hiu mampu mencium bau darah dari jarak berkilo-kilo meter. Ada juga Ikan Barakuda yang menyukai benda-benda mengkilap dan tanpa basa-basi akan langsung menyergap, berbeda dengan ikan hiu yang mengitari calon mangsanya sebelum menyerang.
Yang juga bisa dilihat dari perairan di daerah untuk Diving atau Snorkling adalah Teripang, Kima (sejenis Kerang Raksasa), Penyu, dan Kepiting Kenari atau Kepiting Kelapa (Birgus latro). Selain itu Padang Lamun dan Rumput Laut juga dapat kita temukan. Padang Lamun dan Rumput Laut merupakan jenis-jenis tumbuhan laut. Rumput laut tidak seperti ganggang, mereka memiliki akar dan menghasilkan biji, sehingga dapat membentuk hamparan luas yang merupakan tempat ikan bertelur dan berkembang. Habitat Lamun dan Rumput Laut merupakan habitat bagi jenis Ikan Duyung dan Penyu Laut.
